Ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά δεν επαρκούσε πια για να καλύψει τις θρησκευτικές ανάγκες της ολοένα και αυξανόμενης κοινότητας των χριστιανών της πόλης, και έτσι δημιουργήθηκε η ανάγκη για την ανέγερση ενός νέου μητροπολιτικού ναού. Ο χώρος που θα καταλάμβανε ο νέος ναός ήταν πριν κήπος που ανήκε σε τούρκο από τον οποίο και αγοράστηκε. Ο αρχιτέκτονας ήταν ο Αθανάσιος Μούσης και το 1862 τοποθετήθηκε ο θεμέλιος λίθος ενός από τους πιο μεγαλοπρεπείς και επιβλητικούς ναούς της Ελλάδας. Η έκρηξη της κρητικής επανάστασης το 1866 απαιτεί την άμεση διακοπή των εργασιών που θα συνεχιστούν το 1883 για να ολοκληρωθούν το 1895, οπότε γίνονται και τα εγκαίνια του νέου περικαλλούς Μητροπολιτικού Ναού. Ο ναός παραπέμπει στον τύπο του σταυροειδούς εγγεγραμμένου με τρούλο που εδράζεται σε υψηλό τύμπανο, ενώ εσωτερικά συνδυάζει και στοιχεία τρίκλιτης βασιλικής. Έχει δύο κωδωνοστάσια, ένα στη βορειοανατολική και ένα στη νοτιοανατολική γωνία. Το δεξιό κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Τίτο και το αριστερό στους Αγίους Δέκα Μάρτυρες της Κρήτης. Η εσωτερική όψη του ναού υπέστη κατά καιρούς διάφορες αλλαγές με προσθήκες νέων στοιχείων. Με σχέδια του αρχιτέκτονα Αναστάσιου Ορλάνδου το ξυλόγλυπτο τέμπλο αντικαταστάθηκε με άλλο μαρμάρινο, το ίδιο και ο επισκοπικός θρόνος. Η αγιογράφηση του ναού ανατέθηκε στον αγιογράφο Στ. Καρτάκη που ακολούθησε πιστά τους κανόνες και τα πρότυπα της βυζαντινής αγιογραφίας. Τα εκατό χρόνια από τα εγκαίνια του Μητροπολιτικού Ναού του Αγίου Μηνά (1995) γιορτάστηκαν με κάθε επισημότητα που αρμόζει σε παρόμοια περίσταση και στη συγκεκριμένη σε έναν από τους πιο λαμπρούς και επιβλητικούς ναούς της Ελλάδας.