Η πρόταση που υποβάλλεται καταρτίσθηκε από το Δήμο Ηρακλείου σε στενή συνεργασία με το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, και την τεχνική υποστήριξη του Εργαστηρίου Πολεοδομικού και Χωροταξικού Σχδιασμού του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Στη διαδικασία κατάρτισης έγιναν διαβουλεύσεις με τους κοινωνικούς εταίρους που εκπροσωπούν τους εργαζόμενους στην περιοχή, τις ιδιωτικές επιχειρήσεις, και τους δημόσιους φορείς που έχουν αρμοδιότητες σε θέματα συναφή με τα πεδία παρέμβασης της Κοινοτικής Πρωτοβουλίας URBAN και της παρούσας πρότασης. Ενδεικτικά, οι φορείς που συμμετείχαν περιλαμβάνουν τη ΔΕΠΤΑΗ, Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση, το Πανεπιστήμιο Κρήτης, το ΥΠΕΧΩΔΕ, κλπ.
Κατά την υλοποίηση του προγράμματος ο Δήμος Ηρακλείου Κρήτης θα έχει στενή συνεργασία εταιρικού τύπου με το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, και θα επιδιώξει τη συστηματική διαβούλευση και εμπλοκή των αρμόδιων φορέων για την υλοποίηση των επιμέρους δράσεων, ούτως ώστε να διαχέεται η πληροφορία και να μεγιστοποιείται η κοινωνική συναίνεση. Στόχοι είναι τόσο η μεγαλύτερη αποτελεσματικότητα στην υλοποίηση, όσο και η ύπαρξη εκπαιδευτικής και παραδειγματικής διάστασης στην όλη διαδικασία. Για να προωθηθούν οι στόχοι αυτοί, θα δημιουργηθεί Συμβουλευτική Επιτροπή στην οποία θα συμμετέχουν φορείς, ενώ παράλληλα θα επιδιωχθεί η συνεχής επαφή με τους φορείς υλοποίησης των άλλων ελληνικών προγραμμάτων URBAN.
Πιο αναλυτικά, ο Δήμος Ηρακλείου μέσω του γραφείου Παλιάς Πόλης επιφορτίζεται με την γενική διαχείρηση του προγράμματος κατά την υλοποίησή του, έχοντας παράλληλα την βοήθεια της Δημοτική Επιχείρηση Πολιτισμού, Τουρισμού και Ανάπτυξης Ηρακλείου για τον τομέα της οικονομικής διαχείρησης. Το Πανεπιστήμιο Κρήτης θα αναλάβει την διαχείριση του τμήματος του προγράμματος που αφορά στο Μουσείο Φυσικής Ιστορίας και του Κέντρου Κατάρτισης σε θέματα περιβάλλοντος (μέτρα 1.1. και 3.3. αντίστοιχα).
Παράλληλα, η συμμετοχή των κατοίκων στο πρόγραμμα διασφλίζεται μέσω των φορέων τοπικού επιπέδου στους οποίους παίρνουν μέρος οι κάτοικοι (π.χ. πολιτιστικοί σύλλογοι, σύλλογος φίλων του πανεπιστημίου κλπ), ενώ κατά την εκπόνηση των μελετών που προβλέπονται από τα διάφορα μέτρα του προγράμματος θα ακολουθηθούν οι διαδικασίες του συμμετοχικού σχεδιασμού.
Επίσης, θα προωθηθεί η οργάνωση των κατοίκων σε τοπικούς περιβαλλοντικά ευαισθητοποιημένους συλλόγους με διάφορα αντικείμενα (περιβάλλον, πολιτισμός κλπ). Έτσι, μέσω των συλλόγων και του κέντρου γετονιάς του μέτρου 3.1. θα ενισχυθεί η ευαισθητοποίηση των κατοίκων και η ενεργή συμμετοχή στην εξειδικευμένη διάγνωση των προβλημάτων της περιοχής με στόχο την αντιμετώπιση τους.