Ο Δήμος Ηρακλείου άρχισε να λειτουργεί στις αρχές του 1900 με την απελευθέρωση του νησιού μας από τους Τούρκους. Η ανάπτυξη των υπηρεσιών του δέχτηκε ένα νέο πλήγμα με την κατοχή, παρ'' όλα αυτά παρουσιάζει μια ραγδαία ανάπτυξη ιδιαίτερα τα τελευταία 50 χρόνια υπηρετώντας υπεύθυνα και με συνέπεια τις ανάγκες των κατοίκων και των επισκεπτών αυτής της πόλης.
Από την 1η Ιανουαρίου 2011, σύμφωνα με τον Νόμο 3852/2010 περί "Νέας Αρχιτεκτονικής της Αυτοδιοίκησης και της Αποκεντρωμένης Διοίκησης − Πρόγραμμα Καλλικράτης" ο Δήμος Ηρακλείου με έδρα το Ηράκλειο και ιστορική έδρα τη Νέα Αλικαρνασσό αποτελείται από τους δήμους α. Ηρακλείου β. Γοργολαΐνη γ. Τεμένους δ. Παλιανής και ε. Νέας Αλικαρνασσού (βλέπε χάρτη).
Ο Δήμος Ηρακλείου δεν έχει ένα ενιαίο κτίριο για να στεγάσει όλες τις υπηρεσίες του. Το κεντρικό κτίριο όπου στεγάζονται το Γραφείο Δημάρχου, τα Γραφεία Αντιδημάρχων, ο Πρόεδρος του Δημοτικού Συμβουλίου, η αίθουσα που συνεδριάζει το Δημοτικό Συμβούλιο και οι Διοικητικές και Οικονομικές Υπηρεσίες του Δήμου, βρίσκεται στην Ενετική Λότζια, στη συμβολή των οδών Αγίου Τίτου και 25ης Αυγούστου.
Η Λότζια ήταν κατά την ενετοκρατία ο επίσημος χώρος συγκέντρωσης ευγενών και αρχόντων που συζητούσαν για διάφορα θέματα οικονομικά, εμπορικά, πολιτικά που απασχολούσαν την πόλη, ή περνούσαν τον ελεύθερο χρόνο τους, κάτι σαν συνδυασμός ενός σημερινού επιμελητηρίου και λέσχης. Αποτελεί απαραίτητο δημόσιο οικοδόμημα σε κάθε ενετική πόλη, που δεν λείπει ούτε από τις αποικίες της εποχής. Για την Candia, τωρινό Ηράκλειο, θεωρείται ένα από τα κομψότερα αρχιτεκτονικά μνημεία της ενετικής περιόδου, δείγμα του παλλαδιανού ρυθμού. Η κατασκευή που σώζεται σήμερα είναι η τέταρτη κατά σειρά, οι άλλες που έγιναν κατά καιρούς εγκαταλείφθηκαν λόγω της θέσης τους ή καταστράφηκαν με την πάροδο του χρόνου.
Από τις αρχές του περασμένου αιώνα μέχρι σήμερα 27 Δήμαρχοι έχουν υπηρετήσει αυτόν τον τόπο. Πρώτος δημοκρατικά εκλεγμένος Δήμαρχος είναι ο κος Ιωάννης Βογιατζάκης ο οποίος εκλέχτηκε το 1916. Ο σημερινός Δήμαρχος κος Καλοκαιρινός ανέλαβε τα καθήκοντα του το 2024.